在牲畜、禽类、鱼类等养殖行业中，产生的废水中含有大量的粪便、排泄物、毛发等物质，并且，这类废水的浓度、COD、BOD、SS等含量往往很高。处理此类养殖业废水的时候，处理方法主要分为产前、产中、产后治理。其中，产前和产中的治理，主要目的在于从源头上控制养殖场的产生废水量，减少了降低后期的处理难度。而在产后治理中，主要是利用物理沉淀法、生化法、化学沉淀法等方法对水中的污染物进行净化治理。
在治理养殖业废水的时候，发达国家和大型的养殖企业，对养殖场污染物的治理都是从源头上进行控制的，经过对养殖场选址、设计、规划、养殖牲畜数量控制、化粪池数量、面积、密封性、养殖技术的改性，可以很大程度的减少养殖行业废水等污染物的产量，同时可以使污水净化设施能够满足养殖场的处理要求，不会超负荷运行。
在养殖场废水废物的中期治理中，采用的主要是对动物的饲料营养性进行改进，通过对每日牲畜、家禽、鱼类饲料配比的调控，可以减少牲畜排泄物中有害物质的含量。比如，减少生猪日蛋白质的饲喂量，可以降低生猪排泄物中氮类的含量。同时，选用含硫低的饲料原料，配制营养合理含硫量低的日粮，仔猪的总硫和硫酸盐的排泄量可以减少约30%，可带来猪舍硫化氢气体排放的减少。在减少磷的排泄方面，研究表明，每公斤饲粮添加l000酶单位的微生物植酸酶，可将约l/3的不可利用磷转化为可利用磷，减少无机磷的添加量，从而减少猪粪便磷排出对环境的污染。
还可以从强化管理入手，推广畜禽养殖场清洁生产技术，采用科学的房舍结构、生产工艺，实现固体和液体、粪与尿、雨水和污水三分离，降低污水产生量和降低污水氨、氮浓度。通过对生产过程中主要产生污染的环节实行全程控制，达到控制和防治畜禽养殖可能对环境的污染。
在后期的废水处理中，可以采用的方法有很多，主要有物理处理法、物理化学处理法、化学处理法和生物技术处理法。处理过程中，先进行初步处理，过滤掉其中的固态悬浮物，然后进行生化处理，有效降低水中的COD含量，最后再进行化学沉淀处理，使用聚合氯化铝、河南汉成阴离子聚丙烯酰胺、阳离子聚丙烯酰胺等，对养殖场废水中的沉淀物进行净化、分离处理，最终处理之后的水质，完全可以达到排放标准，处理得到的养殖场废水残渣，可以作为农业种植肥料使用，高效且环保。
